Les départements en coordination avec la direction des études et la direction des stages et de l'ouverture sur l'environnement assurent des formations pour les partenaires économiques. L'ENIS a signé plusieurs conventions de formation continue telles que la convention avec le Groupe Chimique Tunisien (GCT), la convention avec la Municipalité de Sfax dans le cadre de la qualification de ses agents techniques (ingénieurs et techniciens)...
L'ENIS a assuré une formation continue diplômante de 2007 à 2012 dans les spécialités de génie biologique, génie électrique, génie informatique et génie électro-mécanique. Il s'agissait de formations d'ingénieurs destinées aux techniciens déjà embauchés dans les industriels depuis au moins deux années. Ces formations constituaient un moyen pour favorise la promotion et l'évolution de carrières des techniciens au sein des sociétés qui les embauchaient.
